A. サイトの作成者（サイトオーナー）の組織部門の共有設定がサイト公開の設定に影響します。

具体的な箇所について説明します。
管理コンソールから以下をご確認ください。

アプリ＞Google Workspace＞ドライブとドキュメント の設定＞共有設定

設定画面内の「共有オプション」のところで下記の項目にチェックがついているか、ご確認ください。

「〇〇〇〇〇（オーナードメイン） の外部との共有が許可されている場合、〇〇（オーナーが所属する組織） 内のユーザーは、リンクを知っているすべてのユーザーに対して、ファイルおよび公開済みのウェブ コンテンツを公開することができます」

こちらにチェックがついていればウェブ上のすべてのユーザーを選択できます。
現象を確認したサイトそれぞれの作成者の組織部門をチェックしてみてください。